Con los procesos de conquista, colonización, evangelización y organización eclesiástica en la Provincia de Costa Rica, se fijó el territorio de la Gobernación de la Nueva Cartago. La primera parroquia y la Vicaría General de Costa Rica fueron ubicadas en la Ciudad de Cartago, esta primera parroquia se denominó Santiago en 1543.

Al ser destruida por los indios la Villa de Santiago, se estableció en 1561 la parroquia en la ciudad de Garcimuñoz donde se instaló el Pbro. Juan Estrada Rávago. Años más tarde, en 1564, parroquia y vicaría, se trasladan a la Ciudad del Lodo, en el Valle del Guarco.

A mediados de 1575 la parroquia con el nombre de Santiago fue trasladada a la Ciudad de Cartago donde se convirtió en centro de evangelización para la Provincia de Costa Rica.

En 1906 se empezó a desarrollar con gran intensidad la construcción de un majestuoso templo frente al parque de Cartago dedicado a Santiago Apóstol, pero el terremoto de 1910 destruyó parte de la obra y paralizó los trabajos.

En aquella época resultó más fácil reconstruir el templo de San Nicolás, edificado por los padres Jesuitas, y así el templo de San Nicolás, con nueva fachada y líneas más elegantes se convirtió en el templo parroquial de la ciudad de Cartago.

El 15 de julio de 1925, el Arzobispo Mons. Rafael Otón Castro, decretó el cambio de nombre de la Parroquia, de manera que bajo la protección de la Santísima Virgen de El Carmen la anterior denominación de San Nicolás de Tolentino dio paso a la Parroquia Nuestra Señora de El Carmen.

La Parroquia de El Carmen se instaló en la iglesia de San Nicolás de Tolentino, y el principal gestor de esta moderna iglesia parroquial fue el Pbro. Enrique Bolaños.

Dadas las malas condiciones en que se encontraba la Iglesia de San Nicolás de Cartago y su reducido tamaño la gente tenía que ubicarse en una gran acera y parte de la calle para oír la Santa Misa, en el año de 1954 siendo cura párroco el presbítero Enrique Bolaños convocó a una reunión a la ciudadanía cartaginesa con el fin de dar a conocer su inquietud para la construcción de un nuevo templo, El padre Bolaños manifestó que con lo único que se contaba en ese momento era con el terreno y tres mil colones (¢3.000.00) que había dejado al morir una vecina de la parroquia.

Por lo que se procedió a elegir la Junta Edificadora conformada por los siguientes miembros: Antonio Monge P, Teófilo Coto F, Ricardo Valverde P, Santiago Montoya C, Manuel Marín M y Carlos Matamoros C. De igual manera se designó a don: Adalberto Navarro como director de obra, Antonio Pimentel como Ecónomo (pagador) y Carlos Navarro como maestro de obras.

La junta se reunía todos los lunes y viernes de cada semana por la noche en la casa cural. Los lunes a contar el dinero que se había recogido durante la semana anterior que en su mayoría eran monedas (pesetas 0.25, cuatros 0.50 y colones o pesos) y muy pocos billetes y preparar el depósito para ser llevado al Banco Crédito Agrícola de Cartago, Los viernes se acordaban los pagos correspondientes a la semana en curso dependiendo de la cantidad de dinero que se había recogido.

Se acordó que la nueva edificación ocuparía todo el terreno de cual se disponía. La idea era iniciar la construcción por la parte exterior del templo viejo con el fin de que se pudieran seguir realizando todos los oficios religiosos.

Los planos de la obra fueron elaborados por el ingeniero Fernando Valenzuela y el arquitecto Manuel Barrantes, la misma comprendían el templo, una sacristía, un bautisterio y en el segundo piso un salón para reuniones. En el centro de la fachada principal una torre con un carrillón con capacidad para doce campanas eléctricas. 

La planilla estaba compuesta por: dos albañiles, dos ayudantes de albañilería, dos carpinteros y dos ayudantes de carpintería. Como se requería personal extra para las labores de peón se solicitó ante la comandancia de plaza de Cartago la posibilidad de que diez reos (privados de libertad) realizaran las labores de peón, el pago del jornal sería de la siguiente manera: 50% salario y el restante 50% se rebajaría de la pena. La misma fue aceptada por el señor Juan Solano quien fungió como comandante de Cartago durante la primera administración de don José Figueres Ferrer.

Se propuso elaborar un informativo semanal llamado "Hoja Parroquial" con el fin de informar a la comunidad sobre el movimiento económico de la construcción y se repartía en las misas todos los domingos. De igual manera se acordó no realizar ningún "Turno" para la obtención de fondos, se procedió a elaborar un censo de las familias que pertenecía a la jurisdicción de la Parroquia, el mismo revelaba el número de personas por casa y se fijó una contribución de veinticinco céntimos (una peseta ó dos reales) por persona por mes. Para realizar dicha tarea se nombraron colaboradores que se comprometieron a recoger las contribuciones todos los meses.

La primera piedra fue puesta por Monseñor Rubén Odio quien fungía como arzobispo de San José en ese momento, en una solemne celebración con procesión y mucha fe en Dios y la Virgen María. Desde ese momento constantemente se recibieron obsequios de feligreses tales como: relojes de pulsera, anillos, aretes de oro, etc , los mismos se rifaban todas las semanas a fin de obtener fondos para la nueva construcción. Esta actividad se realizó durante el tiempo que duró la edificación del nuevo templo.

La colecta de la misa de once la realizaba el propio padre Bolaños con una canasta, por que era la misa donde llegaba la mayor cantidad de personas por lo que era la mejor colecta de la semana.

La construcción se inició con el levantamiento de las paredes laterales, cuando llegaba el momento de chorrear las columnas, se solicitaba la colaboración de la Banda de Cartago para que las retretas (audiciones) se realizaran al frente de la obra. Los hombres tomaban los carretillos llenos de concreto para ayudar a realizar las chorreas de manera voluntaria, si embargo durante dicha labor se les ofrecía café con biscochos o pan casero elaborado por las vecinas de la parroquia.

Una vez que se terminaron de construir las columnas, se procedió a las labores de techado con láminas de zinc en la parte externa y en la parte interna con madera de cristobal traída en tucas desde la provincia de Puntarenas. La misma fue aserrada en varios aserraderos de la provincia de Cartago. Posteriormente se fue destruyendo el templo viejo y de esta manera las celebraciones siempre fueran bajo techo.

El piso fue cubierto con terrazo fabricado en la misma construcción. Para ello se importaron por parte de la Junta Edificadora piedras de mármol, ocres de varios colores y unas venillas de bronce para las pegas o sisas.

El Altar mayor, el presbiterio y el púlpito son de mármol y fueron importados de Italia, tiempo después se logró adquirir los dos altares laterales de la misma fábrica italiana.

El comulgatorio fue fabricado con maderas provenientes del Pacífico y elaborado por la empresa de don Alfredo Vargas conocido como "Fello Vargas".

La construcción tuvo una duración de seis años, en los cuales el padre Bolaños, la junta y los colaboradores realizaron un trabajo muy laborioso.

Al realizar las últimas labores de construcción se evidenció en la parte alta de las paredes unos paños de cemento a los que se les debía dar algún uso. Pensando en ello se concluyó que sería muy bello pintar algunos pasajes bíblicos alusivos a la vida de Jesús y de la virgen María. La limitante era conseguir un artista que realizara tal trabajo puesto que era una labor de veinte cuatro pinturas.

Por ese tiempo se encontraba don Antonio Monge P. con su familia pasando unas vacaciones en la ciudad de Alajuela. En una ocasión que visitó el templo de la Agonía observó que se encontraban pintando cuatro cuadros por lo que procedió a averiguar quien era su autor, de esta manera logró conocer al señor José Claró. Se le explicó la intención del trabajo para el nuevo templo de Cartago por lo que se mostró muy interesado y propuso que lo mejor era realizar un viaje a la vieja metrópoli con el fin de visualizar el trabajo y hablar con el Padre Bolaños y la Junta Edificadora.

El primer cuadro se pintaría en una de las entradas de las puertas principales a fin de que la gente se entusiasmara. Esta idea tuvo un resultado maravilloso no solo se pintaron cuatro cuadros sino que con el aporte de los feligreses se logró financiar los veinte cuatro cuadros que componen la colección.

Es muy importante dejar palpada la manera en que se realizó la escogencia de los cuadros, el señor Claró presentó un mostrario en miniatura de varios pasajes bíblicos ante el padre Bolaños y la Junta Edificadora y de esta manera fueron seleccionados los siguientes: Resurrección de Lázaro, Curación de los enfermos, Jesús en casa de Marta y María, Tempestad en el mar, El juicio de Jesús, Pasaje de Meaux, Ascensión del Señor a los cielos, Venida de Pentecostés, Jesús Rey del mundo, San Antonio, Santa Cena, María Auxiliadora, Sagrada familia, Niño perdido en el templo, Bodas de Caná, Pasaje de la Samaritana, El sermón en la barca, El pasaje del hombre enfermo y desnudo, Jesús con los niños, el Buen Pastor, el milagro de los peces y el pan, Santa Cecilia, el Cordero de Dios y el Espíritu Santo.

Como un ejemplo de dicho entusiasmo para financiar el cuadro del pasaje donde Jesús dice "Dejad que los niños vengan a mí " se visitaron las escuelas del centro de Cartago y se solicitó la colaboración a directores y maestros para recoger diez céntimos (¢0.10 colones) por niño. Otro ejemplo fue el cuadro sobre la resurrección de Lázaro el cual fue financiado con el aporte de los médicos a razón de cien colones cada uno. De manera semejante el cuadro de Santa Cecilia fue patrocinado por los músicos de la ciudad. De esta manera se fueron buscando patrocinadores para cada cuadro de acuerdo al significado del mismo.

Fue un proceso largo de aproximadamente dos años. Hay que dejar en evidencia que el señor Claró era un verdadero artista. Sin embrago para poder conseguir que él aceptara el trabajo es necesario mencionar que era soltero por lo que la condición era que se tenía que consiguir quien le vendiera la comida y la dormida. Se logró conseguir una casa de huéspedes para que le asistiera con sus alimentos y el antiguo Colegio Padres Salesianos de Artes y Oficios de Cartago en el Barrio El Molino le facilitaron un dormitorio grande donde se alojara y preparara sus trabajos.

Los cuadros han sido y seguirán siendo la decoración más hermosa del templo, así lo demuestran la cantidad de turistas que visitan el mismo y toman gran cantidad de fotografías.

Una vez finalizada la decoración del templo se continuó con la construcción de la sacristía, el bautisterio y el salón de reuniones.

La construcción total de la obra se terminó en 1960 y fue consagrada por el entonces Arzobispo, Mons. Carlos Humberto Rodríguez Quirós en una solemne celebración.

Estructura moderna, de concreto reforzado, con paños de paredes construidos con ladrillo de barro, repellos de arena, cemento y cal.